Klaipėdos jūrininkų ligoninės Abdominalinės chirurgijos skyrius užtikrina chirurginę pagalbą visą parą. Atliekamos planinės bei skubios pilvo ertmės organų, odos ir poodžio, skydliaukės operacijos, taip pat endoskopinės virškinamojo trakto operacijos.
Skyriaus tel. (8 46) 491091

I ambulatorinių konsultacijų skyriuje konsultuojami ir gydomi pacientai, turintys įvairių terapinių ir chirurginių patologijų. Paslaugos teikiamos nemokamai visiems, apdraustiesiems privalomuoju sveikatos draudimu ir turintiems siuntimą gydytojo specialisto konsultacijai.
Skyriaus tel.: (8 46) 385052, 491111

Anesteziologijos –intensyvios terapijos skyrių (AITS) sudaro du padaliniai: anesteziologijos (operacinė) bei intensyvios terapijos (reanimacijos). Gydytojai anesteziologai atlieka nejautras ginekologijos, kraujagyslių ir abdominalinės chirurgijos skyrių pacientams, yra atsakingi už ankstyvą pooperacinę priežiūrą ir nuskausminimą pooperacinėje palatoje.
Skyriaus tel. (8 46) 491065

Skyriuje gydomos visos arterijų ir venų ligos: aortos ir jos šakų aterosklerotiniai pakitimai, aortos lanko šakų patologija, žarnyną maitinančių arterijų patologija, inkstų arterijų patologija, apatinių ir viršutinių galūnių arterijų ligos.
Skyriaus tel. (8 46) 491056

Diagnostikos skyriuje gydomi žmonės, sergantys plaučių, virškinimo sistemos, sąnarių ir kaulų – raumenų ligomis, taip pat ligoniai kuriems neaiški pirminė ligos diagnozė, arba ją reikia galutinai patvirtinti.
Skyriaus tel. (8 46) 491109

Skyriuje reabilituojami pacientai po išeminių, hemoraginių insultų, sergantieji degeneracinėmis (Parkinsono liga, išsėtinė sklerozė ir tt.) ir kitomis nervų sistemos ligomis, po stuburo ir sąnarių pažeidimų, sunkių galvos traumų, po auglio pašalinimo operacijų, taip pat po miokardo infarkto ir širdies operacijų.
Skyriaus tel.: 7 aukštas (8 46) 491033; 5 aukštas (8 46) 491094; vandens procedūros (8 46) 491032

Jūrininkų ligoninės Ginekologijos ir endoskopinės ginekologijos skyriuje yra tiriamos ir gydomos pacientės, kurioms reikalingas konservatyvus arba operacinis gydymas dėl įvairių ginekologinių (dubens uždegiminės liga, menstruacinio ciklo sutrikimai, endometriozė, kiaušidžių augliai, gimdos miomos, gimdos kaklelio patologijos, įgimtos genitalijų ligos, lyties organų slinkimas, šlapimo nelaikymas ir kt.), onkologinių ligų, taip pat dėl ankstyvų nėštumo komplikacijų (persileidimo, nesivystančio ar negimdinio nėštumo).
Skyriaus tel. (8 46) 491082

Klaipėdos jūrininkų ligoninės histologijos laboratorijos veiklos sritis – patologijos diagnostika: žmogaus organų ir audinių biopsinės ir operacinės medžiagos histologiniai tyrimai. Laboratorijos tel. : (8 46) 491079

Laivyno darbuotojams čia organizuojami privalomi sveikatos tikrinimai, išduodami sveikatos pažymėjimai, organizuojami laivavedžių, mechanikų, aptarnaujančio personalo, Klaipėdos universiteto Jūreivystės instituto ir Lietuvos aukštosios jūreivystės mokyklos studentų „Pirmos medicinos pagalbos“ ir „Medicinos priežiūros“ mokymai.
Poskyrio tel. (8 46) 491050

Širdies ir kraujagyslių anesteziologijos, intensyvios terapijos ir operacinių poskyris yra Kardiochirurgijos skyriaus dalis. Poskyrį sudaro dvi širdies operacinės ir šešių lovos intensyviosios terapijos palata. Poskyryje dirbantys profesionalai atlieka aukštos kvalifikacijos anestezijas įvairių širdies operacijų ir intervencijų metu.
Poskyrio tel. (8 46) 491049

Skyriuje chirurginiu būdu gydomos išeminė širdies liga, komplikacijos po ūminio širdies infarkto, širdies vožtuvų ligos, krūtinės aortos, perikardo ligos, kai kurios įgimtos širdies ydos suaugusiems ligoniams.
Skyriaus tel. (8 46) 491054

I kardiologijos skyriuje kasmet gydoma apie 1600 pacientų, sergančių įvairiomis kardiologinėmis ligomis, daugiausia – išemine širdies liga: nestabilia krūtinės angina, ūminiu miokardo infarktu.
Skyriaus tel. (8 46) 491106

Didžioji dalis šio skyriaus pacientų gydomi dėl koronarinės širdies ligos – ūmių koronarinių sindromų bei stabilios krūtinės anginos, dažnas pacientas serga mažesnio ar didesnio masto širdies nepakankamumu, arterine hipertenzija. Skyriaus tel. (8 46) 491103

Laboratorinė diagnostika – tai svarbi šiuolaikinės medicinos dalis, padedanti nustatyti tikslią diagnozę ligoniui. Ligoninės laboratorijoje per metus atliekama per 500 tūkst. įvairių tyrimų – nuo įprastų biocheminių, kraujo, šlapimo iki sudėtingų citomorfologinių, hormonų, specifinių baltymų, mikrobiologinių ir kt. Išskirtinis dėmesys skiriamas hematologinių bei širdies ligų diagnostikai.

Ligoninės vaistinė užsiima įstaigos aprūpinimu vaistais ir medicinos priemonėmis. Veda kiekybinę vaistų ir medicinos priemonių buhalterinę apskaitą, savo veikloje vadovaujasi nuo 2009 metų įsidiegtu Geros vaistinių praktikos kokybės vadovu.

Skubios pagalbos skyrius dirba ištisą parą kasdien, įskaitant savaitgalius ir švenčių dienas. Čia atvykusiems ar greitosios pagalbos automobiliu atgabentiems pacientams teikiama būtinoji pagalba, atliekami laboratoriniai, diagnostiniai tyrimai.
Skyriaus tel. (8 46) 491019

Klaipėdos jūrininkų ligoninės nefrologijos skyriuje gydomi pacientai dėl ūminio nefritinio sindromo, kartotinės ir pastovios hematurijos, nefrozinio, izoliuoto šlapimo sindromo, įvairių glomerlų pažeidimų, ūminio inkstų nepakankamumo, inksto išemijos arba infarkto, cistinės inkstų ligos, Alporto sindromo, hipertenzinės inkstų ligos, inkstų venos embolijos ir trombozės, šlapimo nelaikymo ir kitų ligų.
Skyriaus tel. (8 46) 491097 ; Dializių poskyrio tel. (8 46) 491087

Skyriuje tiriami ir gydomi pacientai, sergantys ūminiais insultais ir kitomis galvos smegenų kraujagyslių ligomis, stuburo ir periferinės nervų sistemos ligomis, išsėtine skleroze, Parkinsono liga, epilepsija, vestibulinio aparato ir kitomis neurologinėmis ligomis.
Skyriaus tel. (8 46) 491113

Klaipėdos jūrininkų ligoninės Onkohematologijos skyrius – vienas iš trijų specializuotų kraujo ligomis sergančių žmonių gydymo centrų šalyje ir vienintelis Vakarų Lietuvoje. Jame naujausiais metodais bei priemonėmis gydomi įvairiomis kraujo ligomis ir krešėjimo sutrikimais sergantys žmonės.
Skyriaus tel. (8 46) 491100; Hemofilijos cetro tel. (8 46) 491159

Klaipėdos jūrininkų ligoninės Radiologijos skyriuje atliekami tyrimai stacionaro ir ambulatoriniams pacientams. Atliekami visi anatominių sričių rentgenografiniai ir rentgenoskopiniai tyrimai, virtualios kompiuterinio tomografo kolonoskopijos, širdies ir kraujagyslių kompiuterinės tomografijos ir magnetinio rezonanso tyrimai, kuriuos vertina patyrę specialistai.
Skyriaus tel. (8 46) 491025

Laboratorijoje gydomi širdies ritmo sutrikimai ir pažengęs lėtinis širdies raumens nepakankamumas.
Skyriaus tel. (8 46) 491018

Skyriuje tiriama ir gydoma dėl ūminio galvos smegenų insulto, miokardo infarkto, nestabilios ir stabilios krūtinės anginų, širdies vožtuvų ydos, rezistentinės arterinės hipertenzijos, renovaskulinės hipertenzijos, periferinių arterijų ligos.
Skyriaus tel. (8 46) 491086

Klaipėdos jūrininkų ligoninės Širdies aritmijų skyriuje gydomi žmonės sergantys širdies ir kraujagyslių ligomis.
Skyriaus tel. (8 46) 491120